Mittlerweile kommen FTS auch im Rahmen der Kommissionierung immer häufiger zum Einsatz, wie beispielsweise im Groß- und Einzelhandel. Hier müssen nicht selten größere Mengen unterschiedlichster Waren von verschiedenen Lagerplätzen für einzelne Kunden extra kommissioniert und im Anschluss sicher verladen werden. Darüber hinaus gewährleisten unterschiedliche Ausführungen die individuelle Anpassung von FTS an die Anforderungen im Lager.
Voraussetzung für einen reibungslosen Materialfluss ist, dass sämtliche Maschinen- und Artikelstandorte als vordefiniertes Wegenetz örtlich und softwaretechnisch über ein Navigationssystem erfasst sind, wobei der Datenaustausch auch unter verschiedenen FTS über eine Kommunikationssoftware sowie einen Materialflussrechner erfolgt.
Zu den Vorteilen eines FTS zählen die hohe Verfügbarkeit bei geringer Personalabhängigkeit, die hohe Skalierbarkeit über die Anzahl der eingesetzten FTS bei gleichzeitig geringem Flächenbedarf, die flexible Erhöhung des Automatisierungsgrades sowie eine einfache Integration und Anpassung des Systems an dynamische innerbetriebliche Materialflüsse.
Zu den Nachteilen eines FTS gehört neben den höheren Anschaffungskosten, vor allem die Komplexität des Systems. Die Einführung eines FTS erfordert eine ausgesprochen gute Organisation und Planung der gesamten Intralogistik sowie speziell geschultes Personal bei der Inbetriebnahme und Wartung, da fahrerlose Transportsysteme in der Regel ein Expertensystem darstellen.